由於母親是虔誠的天主教教友，我出生沒多久就受了洗。給我施洗的傅良圃神父 （Frederic J. Foley, S.J.）是前台大外文系的教授，他給我取的聖名是聖保祿 （St. Paulus），而施洗的教堂即是耕莘文教院的前身（叫「伯達書院」）。我受洗後，全家人與傅神父有一張合影：我在襁褓之中，由母親抱著，是我最早的相片之一（可惜找不著了）。這層因緣，與我後來在追求信仰的路上還有一些呼應，此乃後話，暫且不表。
從我有記憶起，星期天早上上教堂便是全家的大事，大家都不得睡懶覺，一大早起床梳洗穿戴整齊，就準備出門。早年天主教的規矩又多又嚴格，彌撒前一個小時不能吃東西，否則就不能領聖體；所以我們不能早點起來的話，就得餓著肚子上教堂，直到九點半以後回到家才有得吃。有一次，彌撒中我竟然餓得昏了過去（也可能是貧血），嚇得大人們（包括神父）都對母親說小孩子吃點東西沒關係的。事實上，母親一直都會讓我們先喝點牛奶、吃片餅乾才出門；經過那次事件以後，對我就更鬆了。
星期天上教堂望彌撒似乎是一般天主教教友最重要的責任，至少母親從不懷疑此點。在我高中離家到外地求學以前，除了生病，我沒有不上教堂的記錄。事實上，從我上小學起，就和哥哥兩個做了神父的輔祭 （altar boy），彌撒開始前一定得到，和神父一起在聖堂後面的小房間裡換上道袍，一前一後地跟著神父走出來，站在祭台兩邊。早年天主教的彌撒還都以拉丁文進行，教友的參與十分有限，只是聽聽講道、唱唱聖歌、領個聖體，其餘就聽著神父和輔祭的一搭一唱。
這是我和哥哥穿著輔祭的道袍與家人及神父的合影。
我開始學輔祭的工作，就是拿著本音譯的經本，跟著神父念一連串絲毫不懂內容的拉丁文，其情景如同一些佛教的經文，雖然寫的是中文，但只取其音，不知其意。虧得我小孩子記憶好，唸來唸去也滾瓜爛熟，應答如流。後來天主教會一次大公會議後，提倡教會地方化，因此有了全套中文的彌撒經文出現，教友可直接與神父應答。那以後，我的假拉丁文也就無用武之地，逐漸忘懷了。只不過後來有機會演唱或聆聽彌撒的合唱曲，都有一份親切感：到底自己有口無心唸過好多年。
輔祭除了負責與神父應答經文外，還有聖體聖血祝聖時要記得打鈴、教友領聖體時要站在一旁以盤子接著，以免有碎屑掉落，之後要幫神父洗手等等瑣事。當年一個本堂神父在教友心目中就是天主的代言人，地位崇高無比，因此能被選中替神父做事感覺是相當光榮的。只不過天主教的彌撒裡跪著的時候特別多，尤其是輔祭跪在祭台兩邊，只能跪得直直的，不能坐在小腿上，更不能亂動，所以一場彌撒下來，膝蓋頭都紅紅的，疼痛不堪。
除了一般的主日外，一年當中還有許多的節日，像封齋期、復活節、耶穌升天節等，都是教會的大事，其中尤以聖誕節最討小孩喜愛，因為它不像其他節日，悲慘多於歡樂。除此之外，聖誕節還有許多的故事及好聽的歌曲，在在吸引著年幼的我。聖誕節照例是有子夜彌撒，於聖誕夜午夜十二點進行，後來則提早一些開始。我不記得從多大開始參加子夜彌撒的行列，只記得十二月底的冬夜是寒冷的，大家全付穿戴前往教堂，充滿著興奮。但常常熬不到彌撒結束，我就睏得睡著了，怎麼回的家都不記得。
雖然我是從小領洗的教友，但還要經過一道堅振（confirmation）的過程，才能正式領聖體，那差不多是開始唸小學前後的事。之前要聽一陣子神父講解天主教的教義及規矩，像會唸基本的天主經、聖母經及會背十誡等等；同時神父還教我們如何辦告解（confession）。天主教有七大聖事，領洗、堅振、告解、彌撒、聖體、婚配、終傅等都是，其中以告解最讓我起反感。
按規矩，教友定期要向神父辦告解，陳述自己從上回告解以來所犯的大小錯誤；神父則依情節大小輕重，罰教友做些補贖的工作（通常是唸些經文），然後就宣布天主赦免了你的罪。如果不這麼做的話，神父就可以不讓教友領聖體。神父所扮演的這種赦罪工作，在某些時代、對某些教友來說，可能是取得心靈平靜的一種方式。但對於多數小孩，尤其像我這種敏感、而又認真的人來說，每周來那麼一次自我貶抑，實在是莫大的痛苦。我要麼得編一些罪名：像不聽爸媽的話、欺負妹妹之類的事；再來得真正問問自己是否有虛榮、驕傲等毛病。等上了初中稍懂男女之事，不免做些白日夢時，又得吞吞吐吐地招認自己有「不潔」的思想。我後來讀到在歐美基督教國家，所謂「天主教男孩」（Catholic boy）的經驗，很大的一部份就是常有罪惡的感覺，有些甚至有病態的傾向。不少人以此做過文章，不幸的是遠在東方的我也受過這種影響。
記憶裡有兩件事是與告解有關，其中之一是因為看電影而起，另一樁則是旁人的事。當年電影雖然沒有分級制度，但天主教會在每星期的《教友生活》周報上卻有一專欄，告訴教友們什麼電影是不宜觀賞的。記得有一部叫《所羅門王》的電影，雖是聖經故事，卻列為兒童不宜；不過，我和哥哥還是去看了。無巧不巧，散場走出戲院時正好碰到神父經過，只見神父臉色一變，當場雖沒發作，但下個主日辦告解時，母親和我們都受到嚴厲的指責，罰唸了好多遍的經文。
另一樁事件發生在一位和神父頂嘴起衝突的教友身上，神父罰她整場彌撒中跪在中間走道，不准起來；同時在講道中，神父還繪聲繪影地描述罪人在煉獄及地獄受苦的種種慘相。我一則不敢看那位教友，怕她難過，再來也覺得神父過分，罰就罰嘛，何苦羞辱人。這兩件事給我相當大的反感，至今不忘。
對一般教友來說，天主教是相當制度化的信仰，裡頭一套套的規矩，不是聖經上記載的、就是歷代教會傳下的，你只有相信遵守，沒有什麼道理好講。而且基督教義是非常霸道的，要求你全心全意的相信，不允許一絲的懷疑；對做不到這一點的人來說，是頗為痛苦的。個人從小有點反權威傾向，對許多事物都抱著好奇及懷疑的態度，喜歡問：「為什麼是這樣」及「為什麼不可以是那樣」等問題。而信仰本身常是沒道理可講的，像「天主無所不在，處處都在」、「基督由聖子降生成人」、「聖母瑪莉亞童貞懷孕」及「基督死後復活並升天」等等，都得無條件相信才行，否則就難以為繼了。
天主教彌撒裡有段主要的經文就叫做〈信經〉(Credo)，從頭到尾以「我信……」做開頭，以宣示個人的信仰。每次唸到這段經文，我就有股矛盾感：一方面我很願意相信經文裡所說的，但另一方面我又自覺內心深處充滿著懷疑，不願意如此口是心非。我後來聽到美國作曲家伯恩斯坦 (L. Bernstein) 的音樂劇《彌撒》（Mass）時，就有很大的共鳴。劇裡頭每當合唱團以拉丁文演唱傳統經文時，都會穿插一些教友內心真正的聲音作反諷；像唸〈信經〉時，就有一段〈非信經〉（non credo）的出現，問一些問題。
我這種對天主教信仰的懷疑，自上了初中以後就愈形強烈，但也伴隨相當的罪惡感，我所選擇的方式是逃避。因此自高中離家住校以後，我就不再主動上教堂望彌撒；不過每次放假回家，我還是勉強自己做個母親心目中的乖兒子，陪母親上教堂。
我的高中生物學得不錯，一心想上了大學後可以更進一步瞭解生命的奧祕。記得教堂裡有位修女曉得了我的「大志」，就用話來套我：「你知道了生命的奧祕之後又如何呢？」我當然知道她是引用聖經裡基督的話：「人縱然賺得了全世界，但卻失去了自己，又有什麼好處？」來說我。當時我雖不知生命科學的研究是條漫漫長路，生命的奧祕也不是那麼容易解開，但我還曉得對學問的追求倒是無止境的，所以就很鐵齒的說我要不斷地追求新的知識。現在想想，年輕的我雖然天真，倒也滿執著的，可見得我對信仰抱持的態度。